Rozpočet programu z EFRR (Európsky fond regionálneho rozvoja) je takmer 130 miliónov eur. Projekty sú podporované do výšky 92 % rozpočtu v závislosti od typu žiadateľa. Maximálna výška podpory z EFRR je vo výške 80%.
Za riadenie a implementáciu programu Interreg Slovensko – Maďarsko zodpovedá Riadiaci orgán (RO) Ministerstvo zahraničných vecí a obchodu Maďarska. Národným orgánom (NO) programu je Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR.
Oprávnenými územiami sú: na slovenskej strane Bratislavský, Trnavský, Nitriansky, Banskobystrický kraj a Košický kraj; na maďarskej strane sú to regióny Budapest, Pest, Komárom-Esztergom, Győr-Moson-Sopron, Borsod-Abaúj-Zemplén, Heves, Nógrád, Szabolcs-Szatmár-Bereg. Dva z regiónov (župa Heves a Budapešť) nie sú priamo spojené so štátnou hranicou. Ich zahrnutie v programe vyplýva z územnej blízkosti a vplyvov na pohraničné regióny.
Spoločná slovensko-maďarská hranica patrí medzi najdlhšie štátne hranice v Európskej únii, programový región pokrýva 61 496 km2 (veľkosť podobná Lotyšsku) s 8,85 milióna obyvateľov (veľkosť podobná Rakúsku). Pohraničný región zahŕňa až 13 odlišných územných jednotiek pozdĺž vnútornej hranice v dĺžke viac ako 650 km a z hľadiska hospodárskej a sociálnej situácie je mimoriadne rôznorodý.
Cieľom programu je zhrnutie hlavných spoločných výziev, pričom sa zohľadnia hospodárske, sociálne a územné rozdiely a nerovnosti, a spoločné investičné potreby.
Pre programové obdobie 2021 – 2027 boli vybrané tri najdôležitejšie tematické oblasti:
Prioritná os 1: Zelené spolupráce
Cieľom prioritnej osi je posilnenie ochrany a zachovania prírody, biodiverzity a zelenej infraštruktúry, a to aj v mestských oblastiach, a zníženie všetkých foriem znečistenia. V rámci tejto prioritnej osi sa bude tiež podporovať spoločná adaptácia na riziká vyplývajúce zo zmien klímy.
Prioritná os 2: Sociálne spolupráce
Cieľom prioritnej osi je: zlepšenie účinnosti a inkluzívnosti trhov práce a prístupu ku kvalitnému zamestnaniu prostredníctvom rozvoja sociálnej infraštruktúry a podpory sociálneho hospodárstva; zlepšenie rovnakého prístupu k inkluzívnym a kvalitným službám v oblasti vzdelávania, odbornej prípravy a celoživotného vzdelávania prostredníctvom rozvoja dostupnej infraštruktúry vrátane podpory odolnosti pre diaľkové a online vzdelávanie a odbornú prípravu;
a posilnenie úlohy kultúry a trvalo udržateľného cestovného ruchu v hospodárskom rozvoji, sociálnom začlenení a sociálnych inováciách.
Prioritná os 3: Inštitucionálne spolupráce
Cieľom prioritnej osi je posilniť efektívnu verejnú správu podporou právnej a administratívnej spolupráce a spolupráce medzi občanmi, aktérmi občianskej spoločnosti a inštitúciami, najmä s cieľom vyriešiť právne a iné prekážky v pohraničných oblastiach.
Od roku 1999 sú súčasťou programu aj projekty malého rozsahu (minimálna výška grantu na projekt FMP je 5 000 € a maximálna 50 000 €), ktoré sa stali jednými z najpopulárnejších typov projektov medzi prijímateľmi na oboch stranách hranice. Pokračovanie Fondu malých projektov vo východnej a západnej časti programovej oblasti umožní aj menším inštitúciám a organizáciám zapojiť sa do cezhraničnej spolupráce medzi Maďarskom a Slovenskom, v programovom období 2021 – 2027 s väčším zameraním na medziľudské akcie.